Cuando dices diferencia entre LVOOP y SubVI entiendo que con subVI te refieres a la programación habitual en labview, ya que en LVOOP también se usan subVIs. La diferencia entre la OOP y otros tipos de programación, como la procedural son los conceptos y herramientas que se utilizan para describir la implementación de tu programa. Por ejemplo, si utilizas la OOP tu programa estará implementado usando conceptos como clases, objetos, herencia... Además si utilizas un lenguaje con soporte a la OOP te proporcionará algunas herramientas para facilitarte la implementación de estos conceptos.
Mientras que si utilizas otro paradigma de programación se utilizarán otros conceptos y herramientas.
Sobre cuándo usar la OOP o no en LV, en mi opinión la OOP es más adecuada para programas extensos o que, por su naturaleza, encajen con este paradigma. En otros casos prefiero utilizar una programación más 'normal' porque si por cualquier motivo necesitas ejecutar tu programa con versiones anteriores a la 8.20 tendrás problemas si has utilizado las herramientas que te proporcionan en esta versión, además si le mandas tu código a otras personas quizás éstas no sepan utilizar la OOP en LV, finalmente otro motivo por el que no suelo usar la OOP es la costumbre... En conclusión, no uso la OOP en LV a menos que estén muy claros a priori sus beneficios.
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