Ciao,
non sono riuscito a riprodurre il tuo problema: dopo che aver rimosso i breakpoints il programma gira senza interruzioni.
Il sospetto è che dopo la rimozione fai partire il programma con il tasto Pause abilitato (tasto della toolbar con due barre verticali, quando è abilitato le barre sono rosse).
In ogni modo tieni presente che puoi ricercare i breakpoints in un diagramma con la voce di menu: Browse - Breakpoints - Find.
Spero di essere stato utile, eventualmente dovresti postare un esempio in cui ti si verifica il problema.
Ciao,
Alberto