ヒルベルト様
日本ナショナルインスツルメンツの井関と申します。
Visual Studioの警告"複数のオブジェクトのターゲットの場所が同じです"は、同じファイルの 2 つ以上のコピーを同じフォルダにインストールしようとしているときに起きるようです。
詳細はMSDNを参照にしていただければと思います。
http://msdn2.microsoft.com/ja-jp/library/zhx4ah11(VS.80).aspx
また、使用されている言語は.netでしょうか。英語ではありますが、ステップ毎の作成方法をが記載されてるページがありますので、ご参考になれば幸いです。
"Distributing Measurement Studio Applications in Microsoft Visual Studio 2003/2005"
http://digital.ni.com/public.nsf/websearch/ED87C183E056CAC386256DF1004E54C6?OpenDocument
ご不明な点などございましたらご連絡下さい。
よろしくお願い致します。