システムの性能を把握するために、添付のVIを実行してみてください。WindowsのLabVIEW2024で作ってあります。
・「有効なサンプル数/ch」表示器はバッファ内に溜まっているチャンネルあたりのデータポイント数です。実行中にこれが増えていくようだとそのうちバッファがあふれてエラーになります。
・「一度に読み取るサンプル数」はWhileループ一回で処理されるサンプル数です。これが1000でサンプリングレートが50000ならば、1秒間に50回処理が実行される計算です。1回あたり20ミリ秒ですね。
・「チャートを更新」のON/OFFでグラフの更新を制御できます。グラフの更新は重い処理なので、これが影響しているかどうか確認できます。
1) デフォルトのまま実行すると、すぐにエラーで止まると思います。
2)「チャートを更新？」をOFFにして実行します。だいぶ軽くはなると思いますが、エラーで止まるとすれば、1000ポイント×16チャンネル×8バイトのテキスト保存を20ミリ秒で回すこと自体が間に合っていないことになります。
3)「一度に読み取るサンプル数」を5000くらいにして実行します。まだダメなら10000とかに増やすとどうでしょうか？
4)「チャートを更新」をONに戻します。初めはいいかもしれませんがそのうちグラフの更新が遅くなってついには止まると思います。チャートの履歴数はデフォルトで1024です。スカラや配列ならいいのですが、波形データタイプ（ダイナミックデータもそう）を与えると数1000ポイントの波形を1024個つなげて表示しようとします。これは激重です。
5) チャートグラフ上でポップアップして「チャート履歴の長さ...」を選び、これを少なくして（10くらい？）実行します。チャートに表示される時間幅は希望を満足しますか？
うまく連続実行が続く組み合わせを探してください。
ちなみに、(2)のところでテキスト保存をバイナリやTDMSにすると改善されるかもしれません。ただし後で読み込むときの処理が少し面倒です。
テキストファイルの場合サイズが巨大になるとやはり後で困るので、適度に分割することをお勧めします。
