Hola,
la comparacion entre LabVIEW y Matlab es complicada, y los tiempos de ejecucion entre ambos entornos puede variar en funcion de multiples factores.
El tiempo de ejecucion de cada iteracion de un bucle en LabVIEW depende del sistema operativo en el que se trabaje (Windows no puede bajar de 1 mseg mientras que los sistemas operativos de tiempo real ETS o RTX llegan a 1 microseg).
Para otro sistemas operativos puedes mirar en el siguiente enlace:
El tiempo tambien depende de lo que se ejecute en cada una de esas iteraciones y de como este desarrollado ese codigo.
En el caso de tu vi, seria conveniente que no usases un vi express como el de simulacion de señales porque los vi express llevan codigo adicional que puede ralentizar considerablemente la ejecucion.
Deberias buscar una alternativa con funciones de mas bajo nivel como el Basic Funtion Generator.vi, o incluso una formula directamente.
Ademas, Windows no es una plataforma que soporte la adquisicion Hardware Timed, tendrias que trabajar con un sistema en tiempo real (ETS o RTX) para poder usar este tipo de adquisicion.
Mi sugerencia es que trabajes en modo continuo. Si necesitas sincronizar la señal de entrada y la de salida, puedes encontrar ejemplos en modo continuo en el Find Examples de LabVIEW bajo Hardware Input and Output>DAQmx>Synchronization.
Para mejorar el tiempo, tambien te sugiero que saques del bucle todo lo que no es necesario que se ejecute en cada iteracion.
Es decir, si hay alguna operacion en la que solo deseamos el resultado final al acabar toda la sucesion de iteraciones, seria conveniente ponerlo fuera para que no consuma tiempo.