Hola,
totalmente de acuerdo con la respuesta de Gerardo, lo unico puntualizar que la tarjeta debe ser de la misma familia (p.ej. serie E). Si por ejemplo la tarjeta ISA es de la serie 1200 (muy antiguas), y la PCI es serie-E, entonces la forma de programar seria distinta pero NO por ser de distinto bus (ISA,PCI), sino por ser modelos que se programan de forma distinta.
Saludos,