Básicamente, la diferencia entre los dos tipos de conexión es como se conecta el terminal negativo al amplificador. Cuando conectas la señal referenciadas a AIGND, estas referenciándolas a la tierra de la tarjeta y el tipo de conexión que tienes es "RSE". En este tipo de conexión el terminal + del amplificador tendrás el terminal + de tu medida y en el terminal - del amplificador tendrás el terminal - de tu medida que a su vez estará conectado a tierra.
Con este conexionado, la ventaja que tienes es que aprovechas todos los canales de la tarjeta y no tienes corrientes de bias, porque se van por el conector a tierra. La desventaja es que es un conexionado más sensible al ruido que el diferencial y NO ES RECOMENDABLE para medir señales referenciadas a tierra, porque puedes tener un bucle de tierras que te falsee la medida (https://www.ni.com/en/shop/data-acquisition/measurement-fundamentals/analog-fundamentals/grounding-c...)
El tipo de conexión NRSE, conecta todos los terminales negativos a un terminal común AI SENSE que no está conectado a tierra. En este tipo de conexión el terminal + del amplificador tendrás el terminal + de tu medida y en el terminal - del amplificador tendrás el terminal - de tu medida, que será común a todas las señales de entrada.
Con este conexionado, la ventaja que tienes es que aprovechas todos los canales de la tarjeta y puedes medir tanto señales flotantes como referenciadas a tierra. La desventaja es que para medir señales flotantes, puedes tener que colocar resistencias de bias. El manual de usuario de tu tarjeta National Instruments explica cómo colocarlas y de qué valor tienen que ser.
